Organizmaların bağışıklık sistemlerini uyaran ve organizma için yabancı olan tüm moleküllere antijen (immunojen) denir. Antikor oluşturmayan maddeler antijen değildir. Antijenler hem antikor oluşumuna sebep olur, hem de kendisine karşı oluşan antikorla, gerek vücut içerisinde, gerek vücut dışarısında reaksiyona girerler.

Bir maddenin antijen olabilmesi için oldukça büyük bir molekül ağırlığına sahip olması, verildiği organizma için yabancı olması ve organizmadan çabuk atılmaması gerekir. En iyi antijenler, kompleks yapıya sahip olan maddelerdir. Örneğin; bakteriler, kan hücreleri gibi.

Antijenlerin çoğu, protein yapısında veya proteinle birleşmiş polisakkarit, ya da yağlardan oluşmuş yapılar olabilir. Bağışıklık sistemi, antijen özelliği olan çok benzer özellikte maddeleri birbirinden ayırabilir. Örneğin; bağışıklık sistemi, bir tane amino asidi farklı olan proteinleri bile birbirinden ayırabilecek özelliğe sahiptir.

Bağışıklık sistemi, çeşitli enfeksiyon etkenlerine karşı yaptığı savunmayı antikor adı verilen özel bir protein üreterek gerçekleştirir. Her antikor çeşidi, özel bir antijene karşı üretilir. Bu nedenle bir antikor, kendisinin üretilmesine neden olan antijeni rahatça tanıyıp bulabilir.

Antikorlar, yapısal olarak globular protein şeklindedir. Bu proteinlere immunoglobulinler de denir. Her immunoglobulinin yapısında dört adet amino asit zinciri vardır ve bu zincirler disülfat bağlarıyla birbirine bağlanmıştır.

İmmunoglobulini meydana getiren amino asit zincirindeki amino asitlerin sırası, kendilerine özeldir. Bu sıralama immunoglobulinin fizyolojik özelliğini belirler. Antikorlar, değişken ve sabit yapılara sahiptirler. Kısa zincirlerin uç kısımlarında değişken bölge bulunur.