Aspartam'ın kanserojen olması fizyololojik olarak mümkün değildir. Aspartam gastrointestinal sistemde aspartik asit ve fenilalanin gibi alışılagelmiş yapıtaşlarına ayrışır.

Aynı maddeler daha yüksek oranlarda günlük olarak tükettiğimiz et, süt, meyve ve sebzelerde de bulunmaktadır. Aspartamla alınan aminoasitler de vücutta diğer besinlerle alınan aminoasitlerle aynı şekilde işlenir. Aspartam kan dolaşımına girmez. Deney fareleri üzerinde yapılan çalışmalarda güvenilir dozun çok üzerindeki miktarların dahi hayvanlarda beyin veya herhangi çeşit bir tümör oluşumuna yol açmadığı görülmüştür.