16. yüzyıl boyunca bugünkü cumhuriyet toprakları, birbirinden ayrı birçok ili içine alıyordu. Bu illerden her biri kendi başına "Nueva Espana" yani "Yeni İspanya" naipliği başkumandanlık merkezi olan Guatemala'nın bir bölümüydü. 1576'da bu illeri, "Izalcos", San Salvador ve "San Miguel" meydana getiriyordu. 17. yüzyılda San Salvador ve "Sonsonate" il merkezi oldular; 1786'da, San Salvador, idare merkezliğine yükseltildi. O tarihte bu nüfuz bölgesi, Honduras'a anak 1841'de geçen "Fonseca körfezi"ndeki adaları ve körfez kıyılarınıda kapsıyordu. 1576'da krallık hakimi Palacio, Izalcos eyaletini; "Majestelerinin buralarda sahibi olduğu bölgelerin en zengini ve en büyüğü" olarak tanımlamış ve şöyle devam etmişti; "Verimli ovaları, kakao tarımı işletmeleri, meyveleri ve balıkların bolluğu, nüfusunun yoğunluğu, sömürge ürünleri ticareti yapan mağazaları, Guatemala ile karayolu bağlantısının kolaylığı, Peru ve Yeni İspanya arasında bağlantının bu bölgedeki "Acajutla limanı" aracılığıyle kolayca sağlanması nedeniyle Izalcos, Orta Amerika'nın en nispeten en zengin bölgesidir.[1] [3]

Lopez de Velasco'ya göre, 1571'de Sonsonate'de öbür topraklardan çok daha fazla kakao yetiştiriliyordu. Acajutla limanından yılda 300.000 düka değerinde ihracat yapılıyordu. 17. yüzyılın başlangıcında ise Vazques de Espinosa yılda 500.000 düka değerinde kakao ihracatından 200'den çok çivit yapım yerinin varlığından, sayılamayacak kadar kalabalık sürülerden söz eder. El Salvador'un batısı kakao üretim bölgesiydi. Ortası ve doğusu sürüler ve çivit ağaçları ile kaplıydı. 1778 yılından önce tek bir ilkokulu bile bulunmayan El Salvador'da, San Salvador'a rahip Juan de Dios del Cid'in 1641'de getirmiş olduğu matbaa ile, Orta Amerika'da basılan ilk kitap yayımlandı. Bu çivit üzerine yazılan kısa bir nazariye kitabıydı: Bu kitabın ismi ise, "El Puntero Spuntado Con Apuntes Breves"ti. 18. yüzyılın birinci yarısında, Izalco volkanının birbirini izleyen püskürmeleri, kakao tarımının Sonsonate'de gerilemesine yol açtı.[4] Guayaquil ile Caracas'ın rekabeti, Acajutla limanının korsanlar tarafından talan edilerek önemini kaybetmesi ve dünya piyasasında kakao fiyatlarının düşmesi bu gerilemeyi hızlandırdı.[5]

Bu gerilemenin sebepleri arasında Kızılderililerin köle olarak kullanılmasının 16. yüzyılın ortalarından itibaren kaldırılması da sayılabilir. Ama bu reforma, Kızılderililerin zorla çalıştığı tarım işletmelerinin kaldırılması eşlik etmedi.Söz konusu olan tarım örgütleri, sömürge devletinin sonuna kadar koruma altına alındı.

Köleliğin kaldırılması başka tarım işletme şekillerinin işine yaradıysa da çoğu bütün kızılderili işçilerini kaybeden El Salvador kakao çiftlikleri sahipleri, bundan zarar gördüler. Örneğin Sonsonate Kızılderilileri, Guatemala Santiago'sunda oturanlara hizmet ederlerdi ve kakao bölgesi merkezindeki İspanyol tesislerinin hiç birinde encomienda yoktu. Buna karşılık, az sayıdaki El Salvador encomienda sahipleri, çok büyük encomiendaları elinde tutuyorlardı. 60 kadar yerleşim yerinde 10.000'e yakın kızılderili zorla çalıştırıldı. Bu arada çivit ile uğraşanlar çoğaldı ve 18. yüzyılda "İndigo üreticileri Montepiosu" yani Yardımlaşma Kurumu kuruldu. 1776'da kurulan ve büyük ölçüde güçlenen bu teşkilât üyeleri, belediye ve hükümet temsilciliklerine seçildiler ve 1821'de bağımsızlığın ilanında büyük rol oynadılar.