Daima onlara güven duymayan bir toplumun içinde yaşayan mutantların hiç beklenmeyen yeni bir düşmanları ortaya çıkmıştır. Bir mutanta oranla çok güçlü olan bu düşman her şeyi harabeye çevirebilecek bir güce sahiptir. Aynı dönemde mutantlara karşı düzenlenen oldukça sert bir protesto gösterisi onları daha da zor durumda bırakır. Bu protesto gösterisinin arkasındaki isimse mutantların hepsinin sicil kaydının yapılmasını isteyen bir askeri lider olan William Stryker’dır.
Stryker hakkında mutantlarla ilgili deneyler yaptığına dair söylentiler de vardır. Geçmişi üzerinde gizem perdesi bulunan Wolverine ile de ilişkisi olduğu muhtemeldir. Stryker’ın mutantları tamamını yok etmeyi planlamakta ve buna da X-MEN Malikanesi'nden başlamayı planlamaktadır. Bu sırada Magneto da tamamın plastik olarak hazırlanmış hapishanesinden kaçmayı başarır. Magneto ve Profesör Xavier beklenmedik bir şekilde birlik olarak Stryker’ı durdurmak için birlikte hareket etmeye karar verirler. Wolverine da geçmişini araştırmak için kuzeye doğru hareket eder.