II. Dünya Savaşı'ndan önce Slovakya'da 135.000 Yahudi yaşıyordu. Bazıları savaştan önce göç ettilerse de çoğu sürgün sırasında öldürüldü. Mart 1939'da Slovakya Cumhuriyeti Nazi Almanyası kontrolünde bağımsızlığını ilan ettikten sonra Yahudilere karşı kanunlar koymaya başladı; Yahudiler ilk olarak askeri ve hükümet görevlerinden alındı. Hlinka Slovak Halk Partisi muhafızları Yahudilere saldırmaya başlayıp Eylül 1941'de "Yahudi Kod'u"nu yürürlüğe soktu. Nürnberg Yasalarını andıran bu kod'da Yahudilere sarı kol bandı takma zorunluluğu getirilip, birçok işten ve karışık evliliklerden mahrum edildiler.

Katolik rahip olan Nazi rejimi destekçisi Devlet Başkanı Jozef Tiso Nazilerin Nihai Çözümüne katılıp Yahudileri sürdü.

Ekim 1941'e kadar geçen sürede 15.000 Yahudi Bratislava'dan kovulup çalışma kamplarına gönderildi. Başlangıçta Slovak hükümeti savaşta katkıda bulunmaları için Slovak işçiler yerine Yahudileri sürmek için Almanya ile anlaşma yapmaya yanaştı. Wannsee Konferansı'ndan sonra Almanya Slovakya'nın önerisine sıcak baktı; bu anlaşmaya göre Slovakya gönderdiği her Yahudi için bir miktar para ödeyecek ve karşılığında Almanya'nın bu Yahudileri geri göndermemesini garanti altına alacaktı. Yahudilerin geri gönderilmeyeceğinin sözünü veren Almanya ile "20,000 genç ve güçlü Yahudi" gönderileceğine dair anlaşıldı fakat Almanya sonunda "doğudaki bölgelerin boşaltılması" için Slovakya'daki bütün Yahudileri istedi.

Yahudilerin Slovakya'dan sürülmeleri 25 Mart 1942'de başladı, fakat Gisi Fleischmann ve Rabbi Michael Ber Weissmandl'ın Vatikan yetkilileriyle kurduğu koalisyonla Slovakya hükümetini anlaşma ve rüşvet yoluyla ikna edip bu sürecin 20 Ekim 1942'de durdurulmasını sağladı. Slovakya hükümetinin bildirdiğine göre bu zamana kadar silah fabrikalarında çalıştırılmak üzere 58,000 Yahudi Auschwitz'e gönderilmişti bile. Slovak hükümeti bu Yahudilerin topluca Almanlar tarafından kurşuna dizildiğini öğrenince suç duyurusunda bulundu.

Sovyetlerin Slovakya sınırına dayanması ve Slovak Milli Ayaklanma'nın başlamasıyla 20 Eylül 1944 Yahudilerin sürgünü tekrar başladı. Bu olaylar sonucunda Almanya Slovakya'yı işgal etme kararı aldı ve ülke bağımsızlığını yitirdi. Alman işgali altında 13,500 Yahudi daha sürüldü ve 5000 Yahudi tutuklandı. Sürgün 31 Mart 1945'e kadar sürdü. Alman ve Slovak hakimiyetleri altında toplam 70,000 Yahudi sürüldü ve bunların 65,000'i toplama kamplarında öldü veya öldürüldü. Bazı Yahudiler kendilerini Yahudi olarak tanıtmadığı için bu rakamlar kesin değildir, fakat 2006'da yapılan hesaplamayla savaş öncesi nüfusunun %77'si yani 105,000 Yahudi savaşta ölmüştür.

Savaş sonrasında Slovakya'da yaklaşık 25,000 Yahudi kaldı ve bunların çoğu yurtdışına göç etti.

Bugün Slovakya'daki 6000 Yahudinin çoğu Bratislava'da yaşamaktadır.