Şimabara Ayaklanması, Japonya'da köylülerin Tokugawa Şogunluğu döneminde (1637-38) başlattıkları bir isyan hareketidir. Köylüler 17 Aralık 1637'de Şimabara bölgesinde yüksek vergilere dayanamayarak, Matsukura Katsuie isimli derebeyine karşı ayaklandılar. Üzerlerine gönderilen orduyu yendikten sonra bir kaleye çekildiler ve aylar boyunca direnmeyi sürdürdüler.

İsyancılar toplam 23 bin kadar erkekten, efendisiz Samurai'den ve çok sayıda kadından oluşuyordu. Ayaklanma Hizen Eyaleti'ndeki Şimabara Tımarı'nda ve yakındaki Amakusa adasında başladı. Ayaklanmanın lideri, vaftiz edildikten sonra Jeremias ismini almış olan Amakusa Shiro'ydu. Bu bölgeler, kendisi de bir Hıristiyan olan Konishi Yukinaga döneminde Cizvitler tarafından Hıristiyanlaştırılmıştı.

Nagazaki şehrinin valisi olan Terazawa Hirotaka, Amakusa'da asilerin üzerine 3 bin seçkin Samurai'den oluşan bir ordu gönderdi. Ancak köylüler 27 Aralık günü samuray ordusunu mağlup etmeyi başardılar. Hayatta kalan 200 Samuray Nagazaki'ye geri döndü, vali de Şogun'dan destek kuvvetleri istedi. 31 Ocak 1638'de Şogun'un savaşçıları asileri yendiler. Köylüler bu savaşta yaklaşık bin kişi kaybettiler ve Şimabara'ya çekildiler. Burada bölge yöneticisinin sarayını kuşattılar ve Hara kalesini ele geçirdiler.

Vali Hirotaka, 2 Ocak günü 500 Samurai ile Şimbara üzerine yürüdü, Omura'dan 800 Samurai ona destek olmaya geldi. Samurai ordusu Hara kalesini kuşattı, Japon ve Çin gemileriyle kale surlarını top ateşine tuttu. Ancak bu ateşin etkili olmaması üzerine, Hollanda Doğu Hindistan Kumpanyası'nın gemilerinden de yardım istediler. Hollandalılar bir süre kaleyi top ateşine tuttularsa da, başarı sağlayamayınca geri çekildiler.

Hara kalesindeki asiler aylar boyunca Samurai ordusuna karşı direndiler ve düşmanlarına ağır kayıplar verdirdiler. Ağır kış şartları her iki taraf için de etkili oluyordu. 3 Şubat 1638'de asiler bir çıkış hareketi yaparak Şogunluğun 2 bin savaşçısını öldürdüler. Fakat kalede erzak, cephane ve diğer ihtiyaç maddeleri sıkıntısı baş göstermeye başlamıştı.

10 Mart'ta Şogunluğun güçleri Şimabara'da toplanmaya başladı. Nisan ayına gelindiğinde, 30 bin köylü asi 300 bin savaşçıdan oluşan bir orduyla karşı karşıya kalmıştı. Asiler 4 Nisan'da bir kez daha kaleden çıkarak derebeyinin ordusuna saldırdılar, fakat pek çok ölü ve tutsak bırakarak kaleye sığınmak zorunda kaldılar. Tutsaklar da işkence altında kalede erzak ve barut sıkıntısının had safhaya ulaştığını ifşa etmek zorunda kaldılar.

12 Nisan 1638'de Şogunluk savaşçıları kaleye saldırdılar. Köylüler üç gün boyunca direndilerse de, sonunda 15 Nisan'da kesin olarak yenilgiye uğradılar. Şogunluk ordusu bu çatışmalarda 10 bin kadar savaşçısını yitirmişti. Savaş eğitimi almamış köylüler karşısında Japonya'nın en seçkin savaşçıları Samurai'lerin böyle aciz duruma düşmesi, yükselen sınıf mücadelesinin ulaştığı boyutları göstermesi bakımından çarpıcı bir örnek teşkil ediyordu.

Şogunluğun birlikleri yaklaşık 37 bin asi köylünün ve yandaşlarının başını uçurdular. Amakusa Shiro'nun kesik başı Nagazaki'ye getirildi ve Hara kalesi yerle bir edildi.

Şogunluk, batılı ülkelerin isyanın başlamasında ve yayılmasında parmağı olduğundan şüpheleniyordu. Bu nedenle ülkede kalan son yabancılar olan Portekizliler de 1639'da kovuldu. Sadece Nagazaki'de güçlü bir ticaret kolonisine sahip olan Hollandalılara müsamaha gösteriliyordu. Hıristiyanlık üzerindeki baskı arttı ve Hıristiyanlar yeraltına çekilmek zorunda kaldılar.