Pirimidin, genellikle nükleik asitlerde, ayrıca bazı koenzimler ile vitaminlerde bulunan azotlu aromatik bazların genel adı.

En basit pirimidin yapısı C4H4N2'dir ve biyoloji açısından son derece ilgi çekici olan pirimidinler, bu ana yapının türevleridir.

Üç pirimidin (sitozin, timin ve urasil), biyolojik sistemde bulunur. Urasil, yalnızca ribonükleik asitte (RNA), timin deoksiribonükleik asitte (DNA), sitozinse hem DNA'da, hem de RNA'da görülür. Pirimidinlerin biçimleri ve boyutları, aynı zamanda da pürinlerle hidrojen bağları oluşturma yetenekleri, nükleik asitlerin üç boyutlu yapılarını ve biyolojik işlevlerini sağlar.