Malta'daki Yahudilerin tarihi MÖ 1500'lere dayanır. Her ne kadar nüfusları hiçbir zaman 1000'i geçmediyse de mevcudiyetleri İsrailoğulları'ndan Zebulun ve Aşer kabilelerin deniz yolculuklarına başlamasına kadar uzanır. Günümüz Malta Yahudilerinin çoğu Sefarad olmasına rağmen Aşkenaz dua kitapları kullanılmaktadır.

Antik çağ

Gozo adasındaki Xagħra'de Ġgantija'nın güney tapınağının iç apsitinde bulunan yazılar tarih öcesi İbranilerin varlığının kanıtıdır. Fenikece olan bu yazı ("Babamız Yahve'ye olan sevgimiz için") 1912'de keşfedildi. Milattan sonra Malta'ya ayak bastığı bilinen ilk Yahudi, gemisi M.S. 62'de ada yakınlarında batan Pavlus'tur. Pavlus, adaya Hristiyanlığı yaymak için gitmişti.

Roma döneminde Malta'daki mezar taşları Yunanca yazılar ve menoralarla dekore edilmişti. Fatımiler döneminde sivil roller üstlendiler ve hatta bir Yahudi Sadrazamlığa kadar yükseldi.

Ortaçağ

Ortaçağ'da Norman hakimiyetinde Malta'daki Yahudi nüfusu doruğa ulaştı. 1090'da adayı işgal eden Normanlar döneminde ana adada 500, Gozo adasında 350 Yahudi bulunuyordu. Yahudi toplumu genel olarak kalkındı ve gettolarda yaşama zorunluluğu yoktu. Yahudilerin çoğu tarımla veye ticaretle uğraştı. Bilinen mistiklerden Abraham Abulafia 1285'ten 1290'larda ölümüne kadar Comino'da yaşadı.

1435'te Università Yahudilere uygulanmak üzere hazırlanan vergileme sisteminin kaldırılmasını talep etti. Bu durum Malta ve Gozo Yahudi cemaatlerinin yanı sıra Sicilya'nın Malta elçisi olan Gozitalı Yahudi Xilorun tarafından hoş karşılandı. 1479'da Malta ve Sicilya Aragon Krallığı altında birleşince adadaki Yahudiler 1492'de Elhamra Kararnamesiyle kovuldu. İspanyol Kraliyeti, adanın çoğunluğunu oluşturan Yahudilerin gitmeleriyle oluşacak maddi kayıp için tazminat istedi.

Malta Yahudilerinin nereye gittiği bilinmezken Levant'taki Sicilya cemaatine katılmış olmaları muhtemeldir. Sicilya Yahudilerinin çoğu gibi Malta'daki birkaç düzine Yahudinin konverso olarak adada kalmış olması büyük bir olasılıktır. Buna kanıt olarak ise Malta'daki bazı soyadların Yahudi kökenli olduğu gösterilir.

Ortaçağ'da Mdina Malta'nın başkentiyken şehrin nüfusunun üçte biri Yahudiydi. Mdina'daki sinagog 1693'teki depremle yıkıldı. Yahudi noterler tarafından İbrani alfabesi kullanılarak Maltaca yazılan tapu ve diğer belgeler bugün Mdina Katedral Müzesi'nde bulunmaktadır. Bu belgeler bilinen en eski Maltaca yazılmış metinler olup 14.yy'a dayanır.

Rönesans

1530'da İspanyol V. Karl Malta'yı Hospitalier Şövalyelerine verdi. Şövalyeler adaya 1798'e kadar hakim oldu; birçok Sicilya'lı konverso şövalyelerin Rodos'taki Yahudilere karşı liberal tavırlar sergilediğini bildiğinden buraya taşındı fakat dinlerini gizli tutmaya devam etmek zorundaydılar. Malta Seferi sırasında Yahudiler umut olmamasına rağmen St. Elmo Kalesi'ni korumak için gönüllü oldu. Bu zamandan sonra Yahudiler adına özgürlük kalmadı. Ticaret için gelen gemilerdeki Yahudiler rehin alınıp Yahudi toplumlarından fidyeler isteniyordu. Bu sebeple bu dönemde Malta'da Yahudiler köleleştirilmiş ve Yahudi edebiyatı Yahudi kölelere konu olmuştur. Ülkeyi ziyaret etmek isteyen özgür Yahudiler ise sadece Valletta limanını kullanabiliyordu, bu yüzden bu limana halen Yahudi geçiti denmektedir.

Günümüz

Günümüz Malta Yahudi cemaatinin çoğunluğu 1798-1800 arası Fransız hakimiyeti ve ardından Britanyalı hakimiyeti döneminde Cebelitarık, İngiltere, Kuzey Afrika, Portekiz ve Türkiye'den gelen göçmenlerden oluşur. 1805'te yabancıları hedef alan seferberlikte Yahudiler de nasibini aldı. 1846'da Trablusgarp'lı bir haham ülkenin ilk modern hahamı oldu.

20. yüzyılın başlarında her zaman bir haham bulunmadığından törenleri icra etmek için hahamlar Sicilya'dan getirtiliyordu. II. Dünya Savaşı'ndan önce Nazi Almanyası'ndan kaçan Yahudilere vize uygulamayan tek Avrupa ülkesi olduğu için birçok Yahudi Malta'ya kaçtı. Büyük miktarda Malta Yahudisi İngiliz ordusuna katılıp Almanlara karşı savaştı.

Bugün Malta'da, gençler yurtdışına göç ettiğinden çoğunluğunu yaşlıların oluşturduğu 25 Yahudi ailesi kalmıştır. Malta Yahudilerinin çoğu başkentte yaşamaktadır. Kudüs'ten şehita, İsrail'den kaşer şarap ve İngiltere'den matsa tedarik etmektedirler. Erkek çocuk doğduğunda mohel Roma'dan getirilmektedir. Yerel yassı ekmekleri ftira ve geleneksel Malta ekmeği kaşerdir.

ABD ve Birleşik Krallık'ın bağışlarıyla 2000'de bir sinagog inşa edildi. Bu sinagog, Yahudi Merkezi'ni yöneten Malta Yahudi Kuruluşu kontrolündedir. Malta kurulduğundan bu yana İsrail ile dostane ilişkiler içerisindedir.