İshak Paşa Sarayı, saraydan öte bir külliyedir. İstanbul Topkapı Sarayı'ndan sonra son devirde yapılmış sarayların en ünlüsüdür.
Doğubeyazıt İlçesi'nin 5 km. doğusunda, bir dağın yamacındaki tepe üzerine kurulan Saray, Osmanlı İmparatorluğu'nun Lale Devrindeki son büyük anıt yapısıdır. 18. yy. Osmanlı mimarisinin en belirgin ve seçkin örneklerinden olduğu kadar, sanat tarihi yönünden de değeri büyüktür. Sarayın Harem Dairesi Takkapı kitabesine göre yapılış tarihi Hicri 1199, Miladî 1784'tür.
Saray binasının bulunduğu zemin vadi yakası olduğundan, kayalık ve sert bir yerdir. Eski Beyazıt şehrinin merkezinde olmasına rağmen, bu yapının üç tarafı (kuzey, batı, güney) dik ve meyillidir. Sadece doğu tarafında müsait bir düzlük vardır. Sarayın giriş kapısı buradadır. Aynı zamanda en dar cephesidir.
Saray, kalelerin özelliğini kaybettiği; ateşli silahların bulunduğu bir çağda yapıldığından, doğu yönündeki tepelere karşı müdafaası zayıftır. Cümle kapısı müdafaa bakımından en zayıf noktasıdır. Cümle kapısı bölümü, İstanbul ve Anadolu'da kurulan saraylarınkinden farksız olup, taş işçiliği ve oymacılığı yönünden muntazamdır.
Türklere özgü tarihi saray örnekleri bugün ülkemizde pek az sayıda kalmıştır. Bunlardan biri de İshak Paşa Sarayı ve Külliyesi'dir.
İshak Paşa Sarayı şu mimari bölümlerden meydana gelir:
 
1- Dış cephe,
2- Birinci ve ikinci avlu,
3- Selamlık dairesi,
4- Cami binası,
5- Aşevi (Darüzziyafe),
6- Hamam,
7- Harem dairesi odaları,
8- Merasim ve eğlence salonu,
9- Takkapılar,
10- Cephanelik ve erzak odaları,
11- Türbe binası,
12- Fırın,
13- Zindan,
14- İç mimariden bazı bölümler (kapılar, pencereler, dolaplar, şerbetlikler, şömineler vs.)
Saray Osmanlı, Fars ve Selçuklu uygarlığının mimari üslubunu bünyesinde toplayan bir özellik taşır. Cildıroğullarından II. İshak Paşa ile Çolak Abdi Paşa'ca 1685'te yaptırılan saraya, 1784'te son şekil verilmiştir. Yapı yaklaşık olarak 115x50 m. ölçülerinde bir alana kurulmuştur. Kesme taştan yapılan sarayın doğu cephesindeki portali kabartma ve süslemeleriyle Selçuklu sanatının özelliklerini yansıtır.

Saray iki avlu ve bu avluda bulunan yapılar topluluğundan meydana gelmiştir. Birinci avludaki yapıların bazıları yıkılmıştır. Dört tarafı yapılarla çevrili ikinci avlu dikdörtgen planlıdır. Girişe göre sağ tarafta selamlık ve onun arkasında haremlik vardır. Bunların sonunda cami ve türbe bulunmaktadır. Türbe Selçuklu kümbet mimarisi üslubunda inşa edilmiştir. Saray bölümü iki kattan oluşmaktadır. 366 oda da bu iki kat içinde yer almaktadır. Her odada taştan yapılmış ocaklar vardır. Taş duvarlardaki boşluklar bütün yapının merkezi bir ısıtma sistemine sahip bulunduğunu göstermektedir. Divan salonu 20x3 m. boyutlarındadır. Duvarları ve tabanı taştandır. Duvarları Türk hat sanatının örnekleriyle, sülüsle yazılmış ayet ve beyitlerle süslüdür. Burada yer alan "İshak meram üzere kerem kıldı cihanı-Binyüzdoksandokuz buna oldu tarih" beytinden sarayın miladî 1784 yılında tamamlandığı anlaşılmaktadır. Sarayın ikinci avlusundaki türbe, kesme taştan yapılmıştır. Bu sekizgen türbe, Selçuklu türbe mimarisi geleneğinin tipik örneği olan kümbet şeklindedir ve iki katlıdır. Duvarları geometrik motiflerle süslüdür. Bu türbede Çolak Abdi Paşa, İshak Paşa ve yakınları yatmaktadır.