Akarsular
Hakkari il toprakları, Dicle Havzası içersinde kalır. Dicle Irmağına katılan Büyük Zap ve Habur suları ile Büyük'a Zap karışan Avarobaşin, Şemdinli ve Hacıbey sularının havzaları da bu ana havza içinde kalmaktadır.

Dicle Havzası
Hakkari beylerinden Zahid Bey, beyliğini iki oğlu arasında paylaştırmıştı. Oğullarından Seyyid Mehmed, Vastan(Gevaş), Melik Dicle havzası, sadece Türkiye'nin değil, Ortadoğu 'unda en büyük havzalarından biridir. Havzanın ülke sınırları içinde, yaklaşık , 5.500km'lik su toplama alanı vardır. Yıllık ortalama su hacmi 18 milyar metre küpe ulaşmaktadır Dicle havzasının kuzey kenarını oluşturan Hakkâri yöresi engebeli ve yüksektir.Akarsular bol sulu olmalarına karşın, geniş tabanlı vadiler oluşturamamaktadır. Bu nedenle, bölge havzasının genellikle görülen olumlu gelişmelerden, genellikle yoksun kalmıştır.

Dicle Havzası
Van il topraklarında Haravil Dağı'nın kuzey yamaçlarından olan Büyük Zap Suyu güney batı yönünden akarak Albayrak İlçesi'nin doğusuna gelir. Albayraktan sonra güneye dönerek Başkale'nin doğusundan Hakkâri il sınırlarına girer. Mordağ'ın batı ucunda Nehil Suyu ile birleşmeye dek yatağı pek derin değildir. Başkale'ye dek vadisi de fazla geniş değildir. Hakkâri iline girinceye dek, çok geniş düzlükler oluşturan Başkale Ovaları'nın ortasından akar. Bu ovala il topraklarında, Bağışlı yöresine dek uzanır. Büyük Zap Suyu Mordağ'ın batısından geldiğinde çok derin, dar, bir yarma vadiye sokulur ve yeniden güneybatıya yönelir. Yüksekova'nın kuzeydoğusundaki sınır dağlarından kaynaklanan Nehil Suyu ile birleşir.
Karadağ ile Cilo Dağı arasındaki dar vadi olduğundan akan Büyük Zap Suyu, Hakkâri il merkezinden sonra geniş bir yay çizerek Samur Dağı'nın çevresini, batı-güneydoğu yönünden geçer ve Çukurca yöresinden Irak sınırlarına girer. Büyük Zap Suyu'nun ülke sınırları içindeki uzunluğu 180-190 km'dir. Bunun, yaklaşık 100km'lik bölümü Hakkâri il alanında kalmaktadır. Besleme alanı, karlarla örtülü yüksek dağlarla çevrili olduğundan suyu her mevsim boldur.
Hakkâri'nin Şemdinli ve Dağlıca yörelerinin sularını toplayan Avarobaşin ve Şemdinli suları ile Hacıbey Deresi de Büyük Zap Suyu'nun kollarıdır.

Harbur Suyu
Nordüz ve Feraşin platolarından doğan Habur Suyu, önce güneybatı yönünden akarak Beytüşşebap'tan geçerek; sonra güneye dönerek
Tanin ve Altın dağları arasındaki çöküntü oluğundan geçip, Irak topraklarına girer. Irak'tan Zaho'yu geçtikten sonra ,yeniden, Türkiye il sınırlarını oluşturacak şekilde akar ve Siirt il sınırında Dicle'yle birleşir. Dicle ile birleşmeden önce Uludere yöresinden kaynağı alan ve Siirt'in Irak il sınırını oluşturacak şekilde akan Hezil Suyu'nu alır. Habur Suyu'nun Hakkâri il topraklarındaki bölümünün uzunluğu, yaklaşık 60km'dir.

Göller
Hakkâri'de özellikle Cilo, Sat ve Karadağ üzerinde buzul ve krater gölleri bulunmaktadır . Bu dağların yaklaşık 2.600m'den yüksek yerlerinde Özellikle kuzey yamaçlarında büyüklü, küçüklü buzul yalakları görülür. Buzul yalaklarından bazıları kapalı çanak biçimindedir. Bazıları sonradan akarsuların oyma ve aşındırması ile vadi ağzını bağlamış durumdadırlar. Çanaklaşmış buzul yalakları, zamanla buzul göllerine dönmüştür. Buzul göllerinin oluşumunu açıklanması bakımından, bunların en önemlisi Gelyana Gölü'dür.
Sert kayalarla oyulmuş bir buzul yalağından oluşmuş Gelyana Gölü, Reşko Buzulu'nun 3km kadar kuzeydoğusunda, 2.950m yüksekliğindedir. Eni ve boyu 250-300m boyunda olan güney ve doğu yamaçları çok diktir.
Gelyana Gölü dışında , Cilo-Sat dağlarının kuzey yamaçlarında , Yüksekova ilçe sınırları içinde kalan kesimlerde Sat Gölleri bulunmaktadır. Salt gölleri ve çevresinin hem oluşumları hem de görünümleri açısından ,yüksek bir turizm potansiyeli vardır.
Ayrıca, Karadağ eteklerinde de güzel görünümlü buzul gölleri bulunmaktadır. Bunların en önemlileri Seyithan, Golaşin ve Golan gölleridir.
Hakkari'de, önemli sayıla bilecek baraj yoktur. Ancak, Merkez ilçeye 7km uzaklıkta ki Otluca Köyü'nde, Otluca Deresi üzerinde kurulan hidroelektrik santrali çalıştıran küçük bir baraj gölü bulunmaktadır.