Gunter Blobel, Almanya'da Waltersdorf'da doğdu. Ocak 1945'te ailesiyle beraber, kızıl ordudan kaçmak için deniz yolunu kullanarak Silesia bölgesinden kaçtı.
Ama Blobel ailesi savaştan tam anlamıyla kaçamamıştır. Çünkü Gunter'ın 19 yaşındaki ablası yolculuk yaptığı trenin bombalanması sonucu hayatını kaybetmiştir.
Savaştan sonra Blobel Freiberg kasabasında büyümüştür. Tübingen Üniversitesi'nden mezun oldu ve 1960'da University of Wisconsin–Madison'da doktorasını aldı.
1986'da Howard Hughes Tıbbi Enstütüsü'ne atandı.
1999'da Blobel Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'ne peptid sinyallerini keşfederek aday oldu ve kazandı.
Günter Blobel 1968'den beri New York'da Rockefeller Üniversitesi'nde çalışmaktadır. Manhattan'da yukarı doğu yakasında karısı ve üç köpeğiyle birlikte yaşamaktadır. Blobel aynı zamanda Chromocell Corporation şirketinin "Bilimsel danışma kürsüsü" nün ortak kurucusu ve başkanıdır.

Bilimsel Ödülleri

1978: National Academy of Sciences' U.S. Steel Foundation Award in Molecular Biology
1982: Gairdner Foundation International Award
1987: Louisa Gross Horwitz Prize from Columbia University
1993: Albert Lasker Award for Basic Medical Research
1995: Ciba Drew Ödülü
1996: King Faisal Ödülü
1997: Mayor's Award for Excellence in Science and Technology
1999: Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü
2001: Pontifical Academy of Sciences