Protistlerin sınıflandırılması henüz değişkendir. Yeni sınıflandırmalar, ince yapı ve biyokimyasal ve genetik özellikler üzerinden giderek, tek soylu gruplar ortaya koymaya çalışmaktadırlar. Ancak, bir bütün olarak protistler kısmi soylu bir grup olduğu için, bahsi geçen yeni sınıflandırmalarda âlem taksonu ya bölünmekte ya da hepten bir kenara bırakılmaktadır ve protist grupları ökaryotların ayrı ayrı soyları olarak değerlendirilmektedir. Adl ve arkadaşları (2005) tarafından ortaya konulmuş son şemada, şube, sınıf vb. sınıflandırma basamaklarına yer verilmemektedir.
Günümüzde şube olarak değerlendirilebilen ve resmen tanınmış kimi protist grupları aşağıdaki listede sunulmuştur. Ancak, sınıflandırmaların değişkenliği nedeniyle, pek çok başka şube de Protista ile ilişkilendirilebilmektedir.