Nübye Çölü, Sudan'ın kuzeydoğu kesiminde yer alan bir çöldür.

Kızıldeniz ile Nil Nehri arasında 250.000 km²'lik bir alana yayılan Nübye Çölü, kayalık ve engebelidir (en yüksek noktası, doğu kesimindeki Cebel Oda'da 2.529 m'yi bulur) ; ama yer yer kumullara da rastlanır. Yılda 125 mm'yi bulmayan yağışlardan sonra ortaya çıkan mevsimlik akarsular, Nil'e ulaşamadan kurur. Çölün geleneksel sakinleri Nübyeliler'dir.

Dünyanın bilinen en eski arkeoastronomik megaliti Nübye Çölü'nün güney Mısır'da kalan kısmındaki Nabta Playa adlı bölgede dikili bulunmaktadır.