Mukozalar, organların iç yüzünü kaplar. Deriye göre daha kolay geçilebilen bir engeldir. Solunum yollarından havayla birlikte giren mikropların bir kısmı bunun ve yutakta tutulur, bir kısmı bronşlara kadar ulaşır. Solunun yolları titrek tüylü epitelyum hücreleriyle kaplıdır. Bu tüyler, üzerlerindeki mukusu dakikada 5-20 milimetrelik bir hızla ilerletir.

Mukusa yapışmış olan yabancı parçacıklar böylece dışa atılmak üzere yukarıya doğru itilmiş olur. Öksürük bu atılma işlemini hızlandırır. Yalnız 10 mikrometreden küçük parçacıklar alveollere kadar ulaşabilir.

Sindirim borusu, yutulan mikroplara karşı kendi epitelyum dokusunu sürekli ve hızlı yenileme yoluyla korur. Ayrıca sürekli olarak yıkanan organlar da vardır, mesela idrar yolları ile idrar torbası idrarda gözler ise gırtlağın üst hava yollarına dökülen gözyaşlarıyla yıkanır.

Yeril asitlik, mikropların çoğalmasına karşı oldukça etkili bir engel oluşturur. Bu asitliğe deri üzerinde, mide veya idrarda da rastlanır. Yağ bezleri, bazı mikropları öldürebilen yağ asitleri açısından zengin bir yağ üretir.

Vücut salgılanırın büyük çoğunluğu (gözyaşı, tükürük solunum sistemi mukusu, bağırsak mukusu) birçok mikroorganizmaya karşı zehirli enzimler üreten fagositler içerir. Mesela, çok çekirdekli akyuvarlarla makrofajların ürettiği lizozim, bakterilerin çeperlerini parçalayabilir. Bir mukozayı aşmadan önce mikroplar bu hücrelere takılır. Bazı proteinler ve fibronektin maddesi bu tutunmayı engeller.

Çocuk doğar doğmaz deriye ve sindirim borusuna az saldırgan birtakım mikroplar yerleşir, bunlar biyolojik bir engel oluşturur ve hastalık yayıcı mikropların çoğalmasını önleyerek kanser önleyici mücadeleye katılır.