Çok hücreli hayvanlarda besin özel borular veya boşluklarda sindirilir. Örneğin; Hydra’nın özel hücreleri, besinin sindirildiği vücut boşluğuna enzimler salgılar. HydraNın vücut boşluğu yalnızca bir açıklık kapsadığı için sindirilemeyen maddeler, aynı açıklıktan dışarı çıkarlar.

Yassı solucanların sindirim boşlukları daha karışıktır ve bunların da tek bir açıklıkları vardır. Yutak olarak adlandırılan kaslı organ, katı besinleri alır. Besin kollara ayrılarak vücudun her tarafına yayılan sindirim boşluğunda sindirilir.

Daha büyük hayvanlarda sindirim, iki açıklığı olan sindirim borusu içinde olur. Besinler bu borunun ön ucunda bulunan ağızdan girer, sindirilemeyen maddeler ise arka ucundaki anüsten dışarı çıkarDaha komplex hayvanların sindirim borusu özel görevleri olan farklı bölgelere bölünmüştür. Bu özelleşme hayvanın yediği besin çeşidine dayanır. Örneğin; sümüklü böcekler ve bunların akrabaları, sindirim boruların üst kısmında besinleri küçük parçalara ayıran sert, törpü gibi bir yapıya (radula=dişli dil) sahiptir. Yüksek omurgalılarda ise besini çiğnemek için çene dişler vardır.


Yassı solucanlarda olduğu gibi yutak ,besinleri nemlendirici bir salgı ile karıştırır ve aşağı doğru iter. Toprak solucanlarının sindirim borusu, besinleri depo eden ve kursak denilen genişlemiş bir bölge kapsar.Kuşlar besinlerini kursaklarında depo edrler. Besin kursaktan kaslı bir organ olan ve besin parçacıklarınıo daha küçük parçacıklara öğüten katı içine alır.

Toprak solucanında bağırsak, sindirim enzimlerinin salgılandığı bir bölgedir. Bu enzimler bağırsağın iç yüzünü kaplayan hücreler tarafından salgılanır. Daha komplex hayvanlar, sindirim borusuna sindirim enzimlerini salgılayan ve sindirim bezleri olarak adlandırılan özel organlara sahiptir. Karideste hem sindirim enzimlerini salgılayan hem de besinleri depo eden bir organ vardır. Örümcekte salgı bezleri bağırsağın çevresinde yer alır.

Omurgalılarda, enzim salgılama işini pankreas üzerini almıştır. Karaciğer de küçük yağ küreciklerini daha küçük parçalara ayıran kimyasal maddeler salgılar.
İnce bağırsak, sindirimdan sonra küçük besin moleküllerinin emilmesinde görev alan önemli bir organdır. Genellikle bağırsağın yüzeyi, emme alanını genişletmek amacıyla çok sayıda çıkıntılara sahiptir. Hayvanlarda bağırsak birçok kılcal damarla donatılmıştır. Böylece besin molekülleri kana geçerek vücut hücrelerine taşınır.