Blastokist (Yunanca βλαστός (blastos) « tomurcuk » anlamına gelir, κύστις (kistis) ise « idrar kesesini » ifade eder), canlı gelişiminde blastosöl aşamasındaki hücre kitlesine verilen addır. Bu evrede hücreler daha hızlı bölünmeye, kendi genomlarından yapıtaşları sentezlemeye ve aktif olarak yer değiştirmeye başlarlar. (du grec (blastos) signifiant « germe, bourgeon » et κύστις (kystis) pour « vessie »), İnsanın embriyonik gelişimi özelinde, Döllenmenin sonucu olarak oluşan tek hücreli zigot hızlıca bölünerek yaklaşık 4 gün içinde morula diye adlandırılan bir hücre topu haline gelir. Morula'nın çapı ortalama 0.3 mm'dir. Morula, uterus (rahim) boşluğuna ulaştığında morulanın içinde sıvı birikir ve içi sıvı dolu bir boşluk oluşur. İçinde sıvı birikmiş bu hücreler yığınına blastokist adı verilir. Blastokist daha sonra uterus (rahim) iç tabakasına (endometriyum) yerleşir (implantasyon) ve böylece gebelik başlar.

Blastokist dıştan tropoblast diye adlandırılan ince bir tabaka ile çevrilidir. Ortasında gıda açısından zengin bir sıvı (blastosöl) ile dolu bir boşluk vardır. Bu boşluğun ileride canlının baş kısmını olusturacak bölgesinde (posterior) konumlanmış hücre kümesi (epiblast) üstte kalan diğer hücre tipleri (hipoblast) ile etkileşimi sonucu ilerleyen aşamalarda embriyonu oluşturur.

Ancak diğer organizmalarda blastokist oluşumu, devamı ve embriyonik gelişim lokasyonları farklılık gösterebilir.