Prey'de, bir kızılderili olan Tommy'i yöneteceğiz. Tommy, Amerikan Deniz Kuvvetlerinde çalışan, yakışıklı ve cesaretli bir şahsiyet. Tabi ki insan bu kadar yakışıklı olunca güzel bir kız arkadaşı olması oldukça normal. Bir gün Tommy ve güzel kız arkadaşı, bir barda otururken dışarıdan gelen garip seslerle irkilirler. Ve birden camdan uçan kamyoneti görürler. Şahit oldukları olayın gerçek ya da hayal olduğunu anlayamadan, içinde bulundukları barın tavanının uçmasıyla gerçekle baş başa kalırlar. Gördükleri şey bir uzay gemisidir ve çevresinde bulunan çoğu şeyi kendi yanlarına almaktadırlar. Buna kahramanımız Tommy'nin kız arkadaşı da dahildir. Tommy, kaçırılan kız arkadaşının arkasından gözyaşı dökmek yerine, yeminini bozarak o da uzaylıların arasına dalar ve bu sayede uzaylıların dünyayı ele geçirme planlarını da öğrenir ve yine bu sayede Tommy bir taşta iki kuş felsefesi ile yoluna devam eder. Buraya kadar insanın kulağına klasik gelen hikaye, elbette ki oyun içerisinde dallanıp budaklanacaktır. Aslına bakarsanız hikaye o kadar da alışılagelmiş bir hikaye değil. Çünkü bu tarz oyunların çok azında aşk ve macerayı yan yana bulabiliriz.
