1552 yılından beri Üsküdar Bağlarbaşı, Yenimahalle'de varlığı bilinen ahşap kilisenin yerine Van'lı Zakarya Vartabed'in çabalarıyla 1617'de yenisi yapıldı. Patrik Hovhannes Golod zamanında ise, Hassa Mimarı Sarkis Kalfa'ya (?-1737) yeniden inşa ettirildi (1727-1729). Aynı tarihlerde kilisenin karşısında Kudüs rahipleri için bir manastır yaptırıldı. Kudüs Patriği Krikor Şığtayagir İstanbul'a geldiğinde (1736) bu manastıra yeni odalar ekletti. Bu bina sonradan ortadan kaldırıldı. Kilisenin hemen doğusunda, 1838 yılında Cemaran Okulu inşa edildi. Manastırın yanında büyük ve duvarlarla çevrili bağ vardı.
Yenimahalle'deki ilk kilisenin inşa tarihi bilinmiyorsa da, onun cami yapımında çalışan ve Üsküdar'ın ilk Ermeni sakinleri bulunan Van'lı ve Muş'lu ustalar tarafından yapılmış olması çok muhtemeldir.
Patrik Asdvadzadur zamanında 1838'de yeniden inşa edilen kilise, 8 ağustos 1844'de onarım görüp açıldıktan dokuz yıl sonra yandı (1847). Patrik Harutyun zamanında ise Kilise, masraflar Mateos ve Apik Uncuyan kardeşler tarafından karşılanarak yeniden kâgir olarak inşa edilerek ibadete açıldı (2 ağustos 1888). Kilisenin yakınında 20791 m2 üzerine kurulmuş bir de mezarlık vardır.
Kilisenin sağında ve solunda, muntazam kesme taşla yapılmış iki çan kulesi, avlusunun iki kapısı arasında mermerden yapılmış üç çeşme vardır. Kilisenin beş kapısı vardır. Ana giriş kapısı üzerinde üç satır halinde iki Ermenice kitabe yer alır. Kilise, II. Abdülhamid'in fermanı ile yenilenmiştir.
Kiliseyi, beşik örtüsü şeklinde uzun bir toroz örter. Kitabenin yanında ayrıca Hz. İsa'nın hayatını sembolleştiren, taşa oyulmuş bir arma vardır. Vaftiz bölümü, kubbesi üstündeki pencereden ışık alır. Girişin üstünde iki kat halinde kadınlar ve koro mahfili vardır. Kilisenin sağ ve sollarındaki sol kapılarından sonra birer kanat bölümü gelir. Soldaki iç içe, sağdaki iki bölüm halindedir.
Kilisenin bulunduğu mevki, XVIII. ve XIX. yüzyıllarda önemli bir Ermeni kültür merkezi olmuştur. Patrik Hovhannes Golod zamanında İstanbul'da ilk Ermeni Mektebi, Surp Garabed Kilisesi'nin yanında açılmıştır (1719-1720). Manastırın yanındaki bağdan dolayı, Bağlarbaşı Ermeni Mezarlığı'na kadar uzanan bu bağın yerini işgal eden mahalle, Osmanlı döneminde "Vank 'ın bağı (manastırın bağı)" adı ile anılmıştır.
