Fatih İlçesi'nde, Fener'de, Batı'da Firketeci Sokağı, Doğu ve Kuzey'de Tevkii Cafer Mektebi Sokağı ile çevrilidir. Moğol Kilisesi veya Kanlı Kilise adıyla da tanınır.
Kilisenin ismi Moğolların Meryemi olarak da geçer.İmparator gayri meşru kızını ittifak yapsın diye moğol hanına gönderir.Rivayete göre kız hanla daha evlenemeden başka bir rivayete göre ise onbeş yıl evli kaldıktan sonra kocası ölür ve babsının yanına döner.Kendini kiliseye adar ve bu kiliseyi yaptırır.
Kanlı kilise adı ise bu yörede fetih sırasında bin kadar Türk askerinin burada özel muhafızlar pusuya düşürürler ve şehit ederler.Zaten petrion kalesinin yakınlarında olması bu olasılığı güçlendirmekte.İsim buradan gelmekte.
Kilisenin, eski bir manastırın yerinde bulunduğu ve tarihinin 10. yüzyıla kadar uzandığına ilişkin görüşler vardır. Burada bulunan mozaik ikonaların Patrikhane Kilisesi'ndekilerle benzerligi nedeniyle, bu kilisenin de 11. yüzyıl'da inşa edildiği ileri sürülür. 12. yüzyıla kadar Maria Akropolitissa'ya ait olan kilisenin bulunduğu manastırın mülkiyeti, bu dönemde VIII. Mihael'in (hd 1259-1282) kızı Maria Paleologina'ya geçmiştir.
A. M. Schneider, kilisenin 13. yy'ın sonunda "Muchlion'luların" (Tegea) yaşadığı semtte, "despoina ton Mogolion" adıyla inşa edildiğini, 1351'de "Moni tes Panagiotisses" olarak adlandırıldığını açıklar. Basit planlı ve merkezi çevreleyen yarım kubbelerin yonca yaprağı oluşturduğu yapıya, 14. asrın başlannda narteks de dahil çeşitli eklemeler yapılmıştır. Kilisede narteksin üç kubbesinden ikisinde mozaik izlerinin bulunduğu, doğu uçtaki tuğla işlemenin orijinal olabileceği, batıda sonradan yapılan onarımlarda eski malzeme kullanıldığı, çok sayıdaki nişin de Komnenos dönemi yapılarını çağrıştırdığı belirtilir.
1351 'de Patrikhane'nin denetimine geçen kilise ve manastır, II. Mehmed (Fatih) tarafından mimar Hristodulos'a verilmiştir. I. Selim (1512-1520) ve III. Ahmed (1703-1730) dönemlerinde kilisenin Rumların kullanımından alınması için başlatılan girişimler de II. Mehmed'in fermanı nedeniyle sonuçsuz kalmıştır. Kilise, 1583'te Tryphon, 1604'te Paterakis, 1669'da Thomas Smith listelerinde yer almıştır.
17 yüzyıla gelindiğinde ise Moğol Kilisesi'ni camiye çevirmek için harekete geçilir. Bu girişim Kantemiroğlu tarafından engellenmiştir. 1633, 1640 ve 1729'daki yangınlarda harap olan ve onarımlar sonucu mimarisi farklılaşan kilise, kitabesine göre 1731'de restore edilmiştir. Muhliotissa Kilisesi, İstanbul'da fetihten önce inşa edilmiş ve günümüze kadar Rum Ortodoksların ibadet mekanı olarak işlevini sürdürmüş tek Bizans yapısıdır.
19 yüzyılın başlarında itibaren küçük bir okul kiliseye dahil edilir.1892 yılında yeni bir çan kulesi yapılır(bugün ayakta olan çan kule)20 yüzyılın başlarında Dörtpandafili kilisesi onarılır.1955 yılında zarar görür ve yeniden onarılır. Yapı mezarlıklar yamacıda denilen yerde Fenerde yükseliyor çevresinde görkemli eski rum evleri vardır duvarında da Bizans imparatorluk simgesi çift başlı kartal kabartması vardı
