Fatih ve Çapa semtleri arasında Vatan caddesi kenarındadır. 15.yy sonlarına doğru kilise olan yapı Alaaddin Ali efendi tarafından mescide çevrilmiştir. 1633 yangınından sonra Sadrazam Bayram paşa tarafından onartılmış ve camiye çevrilmiştir. 1960 yılında bir onarım daha görmüştür..
Fenari Ali Efendi tarafından kilise zaviye çevrilmiştir.
Sultan 4.Murad zamanında Şeyh İsa el Mahvi, manastır hücrelerini Halveti zaviyesi yapmıştır. Caminin bugünkü ismi bu iki değişimi yapan kişilerin "Fenari" ve "İsa" isimlerinin birleştirilmesiyle oluşmuştur.
O tarihten sonra caminin adı "Molla Fenari İsa Camii" olark anılmaya başlanmıştır.
Osmanlı Dönemi'nde önemli kimseler buraya defnedilmiştir.
Sultan 3.Murad'ın eşi Şah-ı Hatun'un türbesi buradadır.
Cami, zamanla bir külliye halini almıştır.
Bugün külliyenin bir kısmı yıkılmış, bir kısmı ayaktadır.
Caminin doğu kısmında Yavuz devrinde kullanılmaya başlanan medrese mevcuttur.
Bugün bu kısım tıp kiliniği olarak kullanılmaktadır.
Konstantin Lips Manastırı kilisesi olarak bildiğimiz eserin ek yapıları bugün yok, bir kısmı vatan caddesinin inşası sırasında bir kısmıda zamana yenik düşerek yokoldu.
Fatih Sultan Mehmedin hocası olduğu bilinen Molla fenari İsa adıyla camiye çevrilerek bugüne ulaşan yapı, aslında 3 farklı bölümden oluşmakta.
Yola göre iç tarafta kalan kapalı yunan haçı planlı bölüm, yukarıda da sözü edilen 10.yy ait esas yapı, buna sonradan eklenen sekiz destekli yapı daha sonraki bir dönemin eseri. 3. bölüm ise caddeye bakan en dış ve giriş cephelerini kapatan, ve cemaat kapasitesini arttırmayı amaçlayan "L" şeklindeki son bizans dönemine ait ek yapı.
