1851 yılında ilk defa Merzifon'a keşif için gelen bir Amerikalı tarafından temelleri atılan yapı. Merzifon'daki Protestan sayısında ciddi artış sağlamıştır. Bu gelişmelerin paralelinde; dönemin şartlarına göre büyük ve konforlu bir hastanesi, kız ve erkeklere ait modern okulu, zengin kütüphanesi, müzesi, eczanesi, laboratuvarı, marangoz atölyesi, sineması ve rasathanesi olan küçük bir kampüs şehir oluşturulmuştur.(Okul, New England tarzı kırkın üzerinde binadan oluşturulmuştur.)
Bina; İstanbul Bebek'te bulunan Amerikan Koleji'nin genel eğitime geçip ilahiyat eğitimini sonlandırması sonrası, bu ihtiyacı karşılamak gayesi ile İlahiyat Okulu olmak üzere 1864 yılında kurulmuştur. İlk etapta okul; Anadolu'da yaşayan, din adamı olmak isteyen, Yunan ve Ermeni Osmanlı vatandaşlarına eğitim vermiştir. 1886 yılında genç insanların genel eğitim istemsi üzerine ilahiyat okulu eğitimini, 4 yıllık laik kolej eğitimini de kapsayacak şekilde genişletmiş ve Anadolu Koleji ismini almıştır.
Osmanlı Devleti'nin 1918 yılında fiilen sona ermesi ile Amerikan misyonerlerinin faaliyetleri de sona ermiştir. 1919 senesinde yalnızca kız öğrencilere ilkokul eğitimi vermek üzere tekrar açılan okul 1923 - 1924 senesinde tekrar kapatılmıştır. 1936 - 1937 yıllarında lise dengi eğitim vermek üzere açılan okul, 1938 senesinde kapatılmıştır. Bir süre 8.Kolordu Merkezi olarak kullanılmıştır. 1950 - 1962 yılları arasında Kara Astsubay Hazırlama Okulu'na tahsis edilmiştir.
Yapı Merzifon Belediyesi Mülkiyetindeyken Kara Mustafa Paşa İlköğretim Okulu ile takas edilerek 2005 yılında Milli Eğitim Bakanlığının Mülkiyetine geçmiştir. 2008 - 2010 yılları arasında restore edilerek bugün Merzifon Fen Lisesi olarak hizmet vermektedir.
Askeri alanda yer alan, kâgirden yapılmış olup, dikdörtgen plandır. Dikdörtgen planlı olan yapı bodrum katı orijinalinde fırın olarak kullanılmış. Güney cephesinde merdivenlerle çıkılan iki yuvarlak kemerli kapı, sağında üç solunda ise beş pencere bulunmaktadır. Doğu cephesinde kere planlı küçük ahşap ve konik külahla örtülü saat kulesi bulunmaktadır. Üstü örtü kırma çatılı olup alafranga kiremitle kapalıdır.
