Yapının inşâ kitabesinde 1245'de yapıldığı yazmaktadır. Anadolu Selçuklu Hükümdarı Gıyaseddin II. Keyhüsrev’in Veziri Necmeddin Ferruh Bey ve kardeşi Haznedar Yusuf Bey tarafından, 1245'de yaptırıldığı sanılıyor. Hattâ; camiyi yaptıranın Ferruh Bey olduğu sonucuna da caminin bitişiğinde Ferruh Bey’in mezarının bulunmasından yola çıkılarak varılıyor. Caminin vakıfları; 1300 yılında, Ferruh Bey’in damadı İzzeddin Mehmed Pervane Bey tarafından tanzim edilmiş.
Deprem ve yangınlarda zarar gören ve Evliyâ Çelebi’nin, "Seyahatnâme"sinde, minaresinin ahşap ve adının da “Mahkeme Camisi” olduğundan sözettiği cami; birkaç kez onarım görmüş. 1730 yılındaki büyük yangında caminin ahşap minaresi yanınca; bu kez taştan burmalı olarak yapılmış ve caminin adı da bu yeni minarenin biçiminden yola çıkılarak, “Burmalı Minare Camii” adını almış. Daha sonra 1939 depreminde de büyük zarar gören cami; 1958 yılında bir onarım daha geçirmiş.
Dikdörtgen planlı ve Anadolu Selçukluları’nın ilerlemiş kubbeli cami tipinde olan yapının kuzey cephesi baz alındığında; sağ tarafında minare, sol köşesinde ise "Cumudar Türbesi" adıyla bilinen bir türbe yeralıyor. Batı ve doğu cephelerinde dörder pencerenin aydınlattığı caminin esas yapısı Selçuklu mimari üslubunu taşımakla birlikte; 18. yüzyılın başlarında yapılan burmalı minaresi, daha çok, Osmanlı mimarisinin özelliğine sahip.
Caminin ibadet mekanı; kıble duvarına dikey ve iki sıra örülerek meydana getirilmiş, tek taşıyıcı ayakla, üç sahana ayrılmış ve her sahan üç bölüm olmak üzere, tüm mekân, toplam 9 bölümden oluşuyor. Bölümleri birbirinden ayıran payeler, sivri kemerlerle birbirine bağlanmış. Orta nefteki bölümlerin üzelerinin kubbelerle örtülü olmasına karşılık; yan neflerden kıble duvarına yakın olan birer bölüm çapraz, diğerleri ise beşik tonozla örtülmüş.
Kuzey cephesi süslemelerle bezeli olan caminin kuzeydoğusundaki, kesme taştan yapılmış ve tıpkı diğer mezar anıtları gibi iki katlı olan türbenin; birinci katındaki odası, bir süre, kütüphâne olarak kullanılmış. Türbenin zemin katındaki mahzen bölümünde ise; günümüzde Amasya Müzesi’nde sergilenen, Şehzade Cumudar’ın mumyası bulunmaktaymış. Bundan dolayı bu türbeye "Cumudar Türbesi" de deniyor.
Türbe; kare kaide üzerine sekizgen planlı ve bu kare kaideden sekizgene geçmek için, köşeler üçgen şekilde kesilmiş. Doğu, batı ve kuzey kısmında birer pencere bulunan türbenin batı yönündeki pencere, süslemeleriyle dikkat çekiyor.
