Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:
1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal)
1.1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
1.1.1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
1.1.2 Aile: CREB
1.1.3 Aile: C/EBP-türü faktörler
1.1.4 Aile: bZIP / PAR
1.1.5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
1.1.6 Aile: sade ZIP
1.2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
1.2.1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
1.2.2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
1.2.3 Aile: Achaete-Scute
1.2.4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
1.3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
1.3.1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
1.3.2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
1.4 Sınıf: NF-1
1.4.1 Aile: NF-1 (NFIC)
1.5 Sınıf: RF-X
1.5.1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
1.6 Sınıf: bHSH
2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
2.1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
2.1.1 Aile: Steroit hormon receptörleri
2.1.2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
2.2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
2.2.1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
2.3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
2.3.1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
2.3.2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
2.3.4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
2.4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
2.5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar
3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal
3.1 Sınıf: Homeo bölgesi
3.1.1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
3.1.2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
3.1.3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
3.1.4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
3.2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
3.2.1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
3.2.2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
3.3 Sınıf: Fork head / winged helix
3.3.1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
3.3.2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
3.3.3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
3.3.0 Aile: diğer düzenleyiciler
3.4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
3.4.1 Aile: HSF
3.5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
3.5.1 Aile: Myb
3.5.2 Aile: Ets-benzeri
3.5.3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
3.6 Sınıf: TEA bölgesi
3.6.1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
4.1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
4.1.1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
4.1.2 Aile: yalnızca ankyrin
4.1.3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
4.2 Sınıf: STAT
4.2.1 Aile: STAT
4.3 Sınıf: p53
4.3.1 Aile: p53
4.4 Sınıf: MADS-kutusu
4.4.1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
4.4.2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
4.5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
4.6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
4.6.1 Aile: TBP
4.7.1 Aile: SOX, SRY
4.7.2 Aile: TCF-1
4.7.3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
4.7.5 Aile: MATA
4.8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
4.8.1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
4.9 Sınıf: Grainyhead
4.9.1 Aile: Grainyhead
4.10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
4.10.1 Aile: csd
4.11 Sınıf: Runt
4.11.1 Aile: Runt
0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
0.1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
0.2 Sınıf: HMGI(Y)
0.2.1 Aile: HMGI(Y)
0.3 Sınıf: Cep bölgesi
0.4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
0.5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler
1.1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
1.1.1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
1.1.2 Aile: CREB
1.1.3 Aile: C/EBP-türü faktörler
1.1.4 Aile: bZIP / PAR
1.1.5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
1.1.6 Aile: sade ZIP
1.2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
1.2.1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
1.2.2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
1.2.3 Aile: Achaete-Scute
1.2.4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
1.3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
1.3.1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
1.3.2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
1.4 Sınıf: NF-1
1.4.1 Aile: NF-1 (NFIC)
1.5 Sınıf: RF-X
1.5.1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
1.6 Sınıf: bHSH
2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
2.1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
2.1.1 Aile: Steroit hormon receptörleri
2.1.2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
2.2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
2.2.1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
2.3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
2.3.1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
2.3.2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
2.3.4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
2.4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
2.5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar
3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal
3.1 Sınıf: Homeo bölgesi
3.1.1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
3.1.2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
3.1.3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
3.1.4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
3.2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
3.2.1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
3.2.2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
3.3 Sınıf: Fork head / winged helix
3.3.1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
3.3.2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
3.3.3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
3.3.0 Aile: diğer düzenleyiciler
3.4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
3.4.1 Aile: HSF
3.5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
3.5.1 Aile: Myb
3.5.2 Aile: Ets-benzeri
3.5.3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
3.6 Sınıf: TEA bölgesi
3.6.1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
4.1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
4.1.1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
4.1.2 Aile: yalnızca ankyrin
4.1.3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
4.2 Sınıf: STAT
4.2.1 Aile: STAT
4.3 Sınıf: p53
4.3.1 Aile: p53
4.4 Sınıf: MADS-kutusu
4.4.1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
4.4.2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
4.5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
4.6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
4.6.1 Aile: TBP
4.7.1 Aile: SOX, SRY
4.7.2 Aile: TCF-1
4.7.3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
4.7.5 Aile: MATA
4.8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
4.8.1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
4.9 Sınıf: Grainyhead
4.9.1 Aile: Grainyhead
4.10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
4.10.1 Aile: csd
4.11 Sınıf: Runt
4.11.1 Aile: Runt
0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
0.1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
0.2 Sınıf: HMGI(Y)
0.2.1 Aile: HMGI(Y)
0.3 Sınıf: Cep bölgesi
0.4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
0.5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler
AP-1/DNA kompleksinin yapısı. AP-1, Jun ve Fos transkripsiyon faktörlerinden oluşmuş bir ikilidir, ikisinin birleştiği yerde bir lösin fermuar bölgesi (mavi) oluşur; iki alfa-sarmal arasında bulunan lösin kalıntıları bir fermuarın dişleri gibi birbirlerine geçerler.
c-Myc transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanmış hali, şemtaik gösterim
DNA'ya bağlanmış bir çinko parmağı bölgesinin şematik resmi
Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali
