Scop By: Anqel* Date: March 28, 2012, 01:39:08 PM Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması) veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.
Hiyerarşik yapısı
SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:
Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi. Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok. Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. divergent) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.
Yapısal sınıflar
Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir:
α-helical bölgeler β-sheet bölgeler α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler α+β domains birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş çoklu bölgeli proteinler membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç) "küçük" proteinler burgulu burgu (coiled-coil) proteinler düşük çözünürlüklü protein yapıları peptidler and parçaları suni dizili tasarlanmış proteinler
